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    5hmC或成为2型糖尿病血管并发症临(lín)床监控的重要标志物

    source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

    2019年10月1日(rì),5-羟(qiǎng)甲基化胞嘧(mì)啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病研究(jiū)领域取得(dé)重要(yào)进展。2型糖尿病(bìng)(T2D)的血(xuè)管并发(fā)症是导致2型糖尿病致残致死的(de)重要病因(yīn),一直(zhí)缺乏(fá)一种无(wú)创便捷的(de)临床途径实现血管并(bìng)发症(zhèng)的(de)发生发展监测,达到早(zǎo)发现(xiàn)、早干预(yù),以提高T2D病(bìng)人的整体生活质量,减少卫生经(jīng)济负担。


    该研究入组了(le)62例2型(xíng)糖尿病(bìng)病人,采用5hmC-Seal技术对血浆cfDNA中表观遗(yí)传标志物5hmC的分布情况进行检测,分析5hmC标志物与2型糖尿病血管并(bìng)发症发(fā)生发展(zhǎn)的相关性。结果表明5hmC标志物的变(biàn)化(huà)与(yǔ)T2D合并大血管/微血管(guǎn)事件具有相关性(xìng),主要(yào)涉及一些与(yǔ)血管生物学和糖尿病(包括胰岛素耐受和炎(yán)症反应)相关的基因和信号通路。该研究建立的16个(gè)基(jī)因-5hmC标志物组(zǔ)合检测可(kě)以准(zhǔn)确区(qū)分有并发症和无并发症的2型糖尿病(bìng)病(bìng)人[实(shí)验组:AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显(xiǎn)优于传统临床变量例如(rú)白蛋白尿。除此之外,还建立了13个基(jī)因-5hmC标志物组合检测,可以进一步区分T2D合并单(dān)一并(bìng)发(fā)症和多种并发症[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同(tóng)样明显(xiǎn)优于其他传(chuán)统临床变量。该研究得出(chū)结论,5hmC标志(zhì)物反(fǎn)映了(le)T2D病人大血管/微血管并发症发生过程中的表观遗传变化(huà),因而5hmC-Seal检测技术在监测(cè)糖(táng)尿病血管(guǎn)并发(fā)症发生(shēng)和进展方面(miàn)具有良好的(de)临床应用前景。


    试验设计



    本研究共纳入62例2型糖尿病(bìng)病(bìng)人,包括(kuò)没有血管(guǎn)并(bìng)发(fā)症的病人12例,有单一血管并发症的病人(rén)34例(24例(lì)发生大血管事件,10例发(fā)生微血管事件),以及有多种血管并(bìng)发症的病人16例。试验收集62例病人血浆,提(tí)取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外(wài)周血cfDNA中的5hmC序(xù)列,进行二(èr)代测序(xù),通过生物(wù)信(xìn)息学分析找出并发症组与无并发症组之间(jiān)有显著(zhe)5hmC修饰差异(yì)的基因,单一并发症组和(hé)多种(zhǒng)并发症组之间有显著(zhe)5hmC修(xiū)饰差(chà)异的基因。随后(hòu)利用回归模型对(duì)差异基(jī)因进一步筛选、优化,弹性网络(luò)进一步筛选,计算加权平均分,最后(hòu)得到(dào)一(yī)组具(jù)有高度灵敏度和特(tè)异性的5hmC生物(wù)标(biāo)记物,并进一(yī)步在(zài)实验(yàn)组中验证(zhèng),分析其灵敏度和特异性。并将新建立的(de)5hmC标志物基(jī)因(yīn)组合的检测性(xìng)能与传统临床(chuáng)变(biàn)量进(jìn)行对(duì)比(bǐ)分析(xī)。最(zuì)后对相关基因进行了信号通(tōng)路分析和功能探究(jiū)。



    研究结果


    5hmC修饰水平与血管并发症具有相关性(xìng)


    利(lì)用逻辑回(huí)归模型(xíng)对62例有并发症和无并发症2型(xíng)糖尿病病人的5hmC差(chà)异水(shuǐ)平进行分(fèn)析(xī)发(fā)现,有并发症(zhèng)2型(xíng)糖尿病病人的(de)622个差异修饰(shì)候(hòu)选基因(包括上调和(hé)下调基因)的(de)归一化平(píng)均(jun1)数要明(míng)显高于无并(bìng)发症的(de)病人(P<0.001),但是单一并(bìng)发症和多发并发症病人之间没有(yǒu)显著差异。

    之后将(jiāng)有(yǒu)单一并发症或多(duō)种并发症(zhèng)的50例病人用(yòng)逻辑回归(guī)模型进行了对比,发现多种并发(fā)症的病人的(de)153个差异修饰候选基因(包(bāo)括上(shàng)调(diào)和(hé)下调基(jī)因)的归一化平均数要低(dī)于无并(bìng)发症病人(P<0.001)。


    5hmC标志物(wù)可区分有无并发症患者


    62例2型糖尿病(bìng)病(bìng)人被随(suí)机分成(chéng)训练(liàn)组(zǔ)(n=31)和测试(shì)组(n=31)。利用弹性网络(luò)筛选后发(fā)现(xiàn),16基因-5hmC标(biāo)志物(wù)组合(hé)检测可以用于区分有(yǒu)并发症和无并发症的2型糖尿(niào)病(bìng)病人。


    基(jī)于16基因组合模(mó)型 (Detection Model 1) 的加权(quán)平均分(fèn)分析,发(fā)现(xiàn)无并发症病人的分数(shù)在训练集和测(cè)试集中都明显低于有并发症的(de)病人。只考(kǎo)虑加权平均(jun1)分的话,受试者工作特(tè)征曲线(ROC)分析(xī)表明将cutoff值设置成(chéng)0.5时,在测试(shì)组中中的灵敏度为(wéi)60%,特异性(xìng)为(wéi)100%。



    5hmC标志(zhì)物可区分病人是单(dān)一并发症还是多(duō)种并发症


    50例有(yǒu)并发症的2型糖尿病(bìng)病人(rén)被随机分成训练组(zǔ)(n=25)和测试组(n=25)。利用(yòng)弹性网(wǎng)络筛选后发现(xiàn),13基(jī)因-5hmC标志物组合(hé)可以区分2型糖尿病病人是(shì)否发(fā)生单一并发(fā)症(zhèng)或多种并发症(zhèng)。


    基(jī)于13基(jī)因(yīn)组合(hé)模型 (Detection Model 2), 我(wǒ)们(men)计算了单一并发症和多种并发(fā)症的加权(quán)平均分,发现在训练(liàn)集和测试(shì)集中单(dān)一并发症和多种并发症病人的分数(shù)都有明显差(chà)异。值得一提(tí)的是,有肾病并发症和无肾病并发症病(bìng)人的分数也有明显差异。利用(yòng)加权平均分作为(wéi)判断标准的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中当(dāng)将cutoff值设成0.69时,灵(líng)敏度为(wéi)87.5%,特异性为68.8%。



    5hmC标志物与(yǔ)传统临床变(biàn)量/危险因子的对比


    我(wǒ)们评估了不同临床变量/危险因(yīn)子用(yòng)于监测血管并发症的(de)灵敏度(dù)和特(tè)异性(xìng)(见表1)。

    总体来说,结果(guǒ)表(biǎo)明一些临床变量(如尿液白蛋(dàn)白、血(xuè)清ALT、AST、肌酐(gān)、GGT、脂蛋白(bái)a)虽然具(jù)有一定的灵敏度和特异(yì)性,但是整体准确度仍然(rán)差强人意,因此临床需要更加准确的方(fāng)法。另外(wài),我们还在训练组(zǔ)中建立5hmC和(hé)不同临床(chuáng)变量(liàng)的多变量组合模型进行评估,该模型加权平均分的AUC要(yào)明显(xiǎn)大于传统临床变量(liàng)的AUC。若将这(zhè)些临床变(biàn)量与加权平均分进(jìn)行结合,AUC也将(jiāng)进一步(bù)提高。因此,该多变(biàn)量模(mó)型表(biǎo)明加权平均分可作(zuò)为一个独立(lì)的指标用于监测2型糖(táng)尿病血管并发症。

    信号(hào)通(tōng)路分析和功能探究


    有并发症和(hé)无并发症病人的135个差异候选基因的(de)功能注释分(fèn)析表明,这些(xiē)基因(yīn)主要富(fù)集在一些经典的信号通(tōng)路。错误发现率相关P值(zhí)位于(yú)前10%和基因(yīn)数(shù)目≥3的信号通路包括由IGF1R, IL-10和FGFR2所介导的信号通路。由IGF1R和IL-10介(jiè)导的信号通路(lù)与(yǔ)胰岛素抵(dǐ)抗及(jí)炎症反应相(xiàng)关,在血(xuè)管生(shēng)物学和糖尿病发生发展过程中发(fā)挥重要作用。

    Reactome相互作用(yòng)网络的中心表明,泛素编码基(jī)因[泛素B (UBB),泛(fàn)素C (UBC),泛素A-52亚基核糖体蛋白(bái)融合产物(wù)1(UBA52)]是候选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANP和(hé)TBCC)的重要连接者。在这(zhè)135个差异候选基因中, 一些基(jī)因 (如TNFRSF25,P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程(chéng)相关的倾向,表明(míng)5hmC和糖尿病血管并发症之(zhī)间可能存(cún)在时间依赖性(xìng)的相互(hù)作(zuò)用。基于(yú)纵向时间队(duì)列的大样本研究,将可(kě)进一(yī)步明确5hmC变化和(hé)糖尿病持续时间之(zhī)间的动态关联。关(guān)于单一并发症和多种并发症病人的(de)159个候选标志基因的功能注释研究发现(xiàn),存在细胞-细(xì)胞连(lián)接、胶原蛋(dàn)白形成、新陈代谢(xiè)、细胞(bāo)应激应答信号通路的富集(jí),这(zhè)些信号通(tōng)路均与细(xì)胞基(jī)本功(gōng)能(néng)密切相关。


    研(yán)究意义



    血管并发(fā)症是三分之二(èr)糖尿病病人(rén)的死(sǐ)亡原因(yīn),若能及早有效控(kòng)制血管并(bìng)发(fā)症的(de)发生,将极(jí)大地改(gǎi)善糖尿病(bìng)病人的(de)生存(cún)质量。该研究建立了一种(zhǒng)利用cfDNA进行(háng)2型糖尿病(bìng)血管并(bìng)发(fā)症(zhèng)监测的(de)无创便捷方法,较目前临床标(biāo)志物(wù)能更准确地监(jiān)控血管并发症的(de)发生,从而提示(shì)临床及早采(cǎi)取应对措施,有效控制病情进展。



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